Не претендую на истину в последней инстанции поделюсь как с этим борюсь сам.
А тем более не даю рекомендации по выбору антивирусной программы, по той причине что идеальной не существует в природе. Но при наличии определённых знаний бороться с этим можно и нужно.
1. При установке системы делю винт на несколько частей в зависимости от размера.
Под систему использую отдельный раздел на котором ничего важного кроме системных файлов не храню. Важные данные (документы,фото архив, и тд.) на других разделах для того если система накроется медным тазом а с восстановлением лень возится важные данные не пропадут.
2. Устанавливаю весь набор только нужных мне программ и ничего лишнего.
Устанавливаю межсетевой экран или брандмауэр настраиваю, устанавливаю антивирь с установкой обновлений.
3. Делаю образ системы с помощью Гостя или Акроникса кому как удобно и ложу его не на системный а на другой раздел диска.
4. Да забыл сказать пароль администратора не должен быть пустым.
5. Для работы в интернет можно использовать программы класса песочницы которые позволяют после перезагрузки вернуть систему в исходное состояние.
Эти правила плюс работа головой могут облегчить вам жизнь и не более.
А теперь конкретно по существу проблемы:
Можно попробовать загрузочным диском реаниматором с набором антивирей пошуршать систему. Если это не поможет то формат С: поможет точно но уже с потерями данных.